微生物肥料又稱生物肥料、接種劑或菌肥（bacterial manure）等，是指以微生物的生命活動為核心，使農作物獲得特定的肥料效應的一類肥料制品。
微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動代謝來完成。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。
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市面上的微生物肥料種類繁多，魚龍混雜。好的微生物肥料能夠有效增強植物抗逆性，改善土壤團粒結構，緩解重茬連作障礙，減輕土傳病害。特別大規模的施肥更要注意所使用肥料的真實情況，鑒別微生物肥料的優劣是勢在必行的。中科檢測可提供霉菌、糞大腸菌群、大腸菌群、芽孢桿菌數等各種微生物肥料檢測服務。

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